作品的男主角椿明本是都立风见台高中的一名普通的二年级生，但自从一位充满“谜”的转校生卜部美琴到来后，椿明的校园生活也变得不再普通了。卜部美琴是一个不会进行社交活动的孩子，她的兴趣是在上下课间的小休

故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。　　梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯