故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音）

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。