小忍是私立忍者学园女忍学科的女学生。忍者学园是一所专门培养忍者的秘密学校，禁止外部人员进出。小忍在这里以成为出色的正义忍者为目标，日以继夜的修炼，但是对于到底什么是忍者还并不了解。某天，小忍参加了测试

　　ときは戦国時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(にんじゃ)の家に生まれた 乱太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむ

故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的猪名寺 乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。在那里认识了富商的儿子福富 しんべヱ和战争中丧失父母的摄津の きり丸，并成为好友，组成了三人组。每集